ישיבת " שבות ישראל " שנוסדה בחודש מנחם-אב תשל"ז רושמת פרק חשוב בבניית גוש עציון בהר חברון בעקבות שחרור הגוש בשנת תשכ"ז בבחינת "ושבו בנים לגבולם". 

הישוב אפרת שוכן על שבע גבעות: שלוש גבעות בדרום (רימון, תאנה וגפן), שלוש גבעות בצפון (זית, תמר ודגן) והגבעה המקשרת ביניהם היא גבעת הדקל. ישיבת שבות ישראל מוקמה מראש בגבעת הדקל, מקום התפר בין החלק הדרומי של הישוב העתידי וחלקו הצפוני. מיקום הישיבה נקבע לצורך תפיסת קרקעות אפרת העתידיות, הן אלה שיהיו מצפון לישיבה והן אלה שמדרומה. גם לאחר אכלוס המשפחות הראשון בגבעת הרימון בשנת תשמ"ג, נותרה עדיין הישיבה על גבעה בודדת עקב ריחוקה למעלה מ1.5 ק"מ משכונת הרימון. מייסד הישיבה הרב בן מאיר היה תושב אפרת הראשון, עת התיישב בקמפוס הישיבה עם משפחתו, ושוב, היה בין עשרת המשפחות הראשונות שהתיישבו בבית בגבעת הרימון.

בשנת תשנ"ז התבקשה הישיבה לעבור להיאחזות הנח"ל לשעבר גבעות במורדות גוש עציון. היאחזות הנח"ל הוקמה בשנת שדמ"ת, מתוך כוונה להקים במקום את הקיבוץ הרביעי של הקיבוץ הדתי בגוש עציון.

תוך עזיבת קמפוס מפואר באפרת, עברה הישיבה לגבעות והחלה בפיתוח והרחבת המקום.

הישיבה הקימה במקום שכונת מגורים, ובה שיכנה את תלמידי הישיבה הנשואים עם משפחותיהם.

השכונה נקראת "גבעת אריה" על שם בוגר הישיבה שנהרג במלחמת לבנון, אריה בוירסקי הי"ד.

בשנה"ל תשס"ד שבה הישיבה לפעול בקמפוס באפרת עקב מצוקה בטחונית והתפתחותית בגבעות.

אף כיום, לאחר חזרתה של הישיבה לפעול בקמפוס באפרת, מהווים תלמידי ובוגרי הישיבה את גרעין ההתיישבות בגבעות ובעז"ה יהוו גם את גרעין ההתיישבות הראשון בבניית הקבע שתחל במהרה בימינו.

בית הכנסת בגבעות "משכן שמואל" נקרא ע"ש הרב שמואל גרינפלד זצ"ל, ר"מ שלימד בישיבה בתקופה בה עברה הישיבה לגבעות, והיה בין החלוצים והתומכים במעבר הישיבה לגבעות. הרב גרינפלד נהרג בתאונת דרכים מזעזעת בסיבוב אלעזר בגוש, ולא זכה לראות את גבעות בתפארתה.